Σε αντίθεση με τα γραφικά περιβάλλοντα που προσφέρονται από τα περισσότερα λειτουργικά συστήματα, ο τρόπος με τον οποίο τα X διαχειρίζονται τα παράθυρα, δεν είναι μοναδικός. Στην πραγματικότητα, τα X διαχειρίζονται μόνο τις πολύ βασικές λειτουργίες που είναι απαραίτητες για την απεικόνιση του γραφικού περιβάλλοντος. Για τις λειτουργίες που έχουν να κάνουν με την οργάνωση, στοίχιση, μετακίνηση ή μεταβολή των παραθύρων καθώς και για την εμφάνιση των πλαισίων γύρω από τα παράθυρα, είναι υπεύθυνα άλλα προγράμματα που ονομάζονται διαχειριστές παραθύρων (window managers). Υπάρχει μια τεράστια ποικιλία από διαχειριστές παραθύρων, καθένας από τους οποίους προσφέρει διαφορετικά πλεονεκτήματα. Υπάρχουν διαχειριστές παραθύρων με πολύ μικρές απαιτήσεις σε πόρους για μικρά συστήματα, διαχειριστές παραθύρων με ειδικές γλώσσες προγραμματισμού για αυξημένη παραμετροποίηση, διαχειριστές παραθύρων που έχουν σχεδιαστεί να προσομοιάζουν ένα άλλο λειτουργικό σύστημα, κ.ο.κ. Σημειώνουμε ότι οι διαχειριστές παραθύρων είναι διαφορετικά προγράμματα από τους διαχειριστές οθόνης. Ο διαχειριστής οθόνης διαχειρίζεται την πρόσβαση στο γραφικό περιβάλλον του υπολογιστή, ενώ ο διαχειριστής παραθύρων τίθεται σε λειτουργία αφού επιτρέψει την πρόσβαση ο διαχειριστής οθόνης. Ο διαχειριστής παραθύρων μπορεί να είναι διαφορετικός για κάθε χρήστη ακόμη και στον ίδιο υπολογιστή, όχι όμως και ο διαχειριστής οθόνης.

KDE 3.5
Η επιλογή ενός διαχειριστή παραθύρων θα πρέπει να γίνει με βάση τις ανάγκες του κάθε χρήστη. Δεν υπάρχει λόγος να εγκαταστήσετε ένα πλήρες περιβάλλον εργασίας με τον πιο δυνατό διαχειριστή παραθύρων σε ένα σύστημα που θα χρησιμοποιηθεί ως server, καθώς σπάνια θα χρειαστεί κάποιος τις δυνατότητες ενός τέτοιου γραφικού περιβάλλοντος. Από την άλλη, για ένα σταθμό εργασίας θα πρέπει να επιλέξετε έναν γρήγορο αλλά και με πολλές δυνατότητες διαχειριστή παραθύρων που θα σας εξοικονομήσει χρόνο στις απλές λειτουργίες.

GNOME
Στις εικόνες φαίνονται μερικοί από τους πιο γνωστούς διαχειριστές παραθύρων.

Το Debian προσφέρει μια μεγάλη ποικιλία διαχειριστών παραθύρων και ένα μικρό δείγμα μπορείτε να δείτε χρησιμοποιώντας την εντολή

$ apt-cache search window manager