Για τη διαγραφή αρχείων ή καταλόγων χρησιμοποιείται η εντολή rm. Η σύνταξή της είναι η εξής:

rm [OPTIONS] filelist ...

όπου filelist η λίστα αρχείων ή/και καταλόγων που επιθυμείτε να διαγραφούν. Οι αντίστοιχες επιλογές που δέχεται η εντολή είναι:

Σε περίπτωση που το αρχείο που θέλετε να διαγράψετε αρχίζει με παύλα “-” στο όνομά του, μπορείτε να δώσετε ως επιλογή “--”:

$ rm -- -afile

Η παραπάνω εντολή θα διαγράψει το αρχείο -afile.
Για την διαγραφή καταλόγων υπάρχει και η εντολή rmdir. Μπορείτε να χρησιμοποιείτε οποιονδήποτε τρόπο επιθυμείτε, είναι και οι δύο ισοδύναμοι.

$ rmdir afolder

ή

$ rm -r afolder

ΠΡΟΣΟΧΗ! Πριν εκτελέσετε την εντολή rm με επιλογές -rf, βεβαιωθείτε ότι βρίσκεστε στο σωστό κατάλογο. Είναι πολύ εύκολο να αχρηστέψετε το σύστημά σας, αν δώσετε rm -rf στον βασικό κατάλογο /, ειδικά αν είστε συνδεδεμένος ως χρήστης root!