Το Debian ακολουθεί το FHS (Filesystem Hierarchy Standard http://www.pathname.com/fhs) το οποίο ορίζει συγκεκριμένες θέσεις για καταλόγους και αρχεία συγκεκριμένου τύπου και βοηθάει στην καλύτερη οργάνωση των αρχείων στο σύστημα. Έχει υιοθετηθεί σε μεγάλο βαθμό από σχεδόν όλες τις διανομές.
Ο βασικός κατάλογος (root directory) απεικονίζεται με την πλάγιοκάθετο / (slash). Όλοι οι υπόλοιποι κατάλογοι βρίσκονται κάτω από τον βασικό κατάλογο.
Συγκεκριμένα, έχουμε για τους πιο σημαντικούς από αυτούς:

Όσον αφορά την κατανομή αυτών των καταλόγων σε διαμερίσματα, υπάρχουν ορισμένα χαρακτηριστικά που θα πρέπει να λάβετε υπόψιν στην οργάνωση και ορισμό των μεγεθών τους.

το διαμέρισμα που περιέχει τον βασικό κατάλογο / πρέπει απαραίτητα να περιέχει τους καταλόγους /etc, /bin, /sbin, /lib, /root και /dev, διαφορετικά δεν είναι δυνατή η εκκίνηση του συστήματος. Ένα τυπικό μέγεθος για το βασικό διαμέρισμα είναι 100 MB (MegaBytes).

ο κατάλογος /usr περιέχει τις περισσότερες εφαρμογές και εργαλεία του Debian. Έχει δομή παρόμοια με αυτή του βασικού (δηλαδή περιέχει καταλόγους /bin, /sbin, /lib, κλπ) αλλά και επιπλέον καταλόγους όπως ο /usr/src που περιέχει τον πηγαίο κώδικα του πυρήνα του Linux και τον κατάλογο X11R6 που περιέχει το σύστημα παραθύρων X (X Window System). Αναλόγως, φυσικά, με τα πακέτα που σκοπεύετε να εγκαταστήσετε θα πρέπει να καθορίσετε και το μέγεθος που σκοπεύετε να δώσετε στο διαμέρισμα που θα φιλοξενήσει τον κατάλογο αυτόν, δηλαδή στον /usr.

το διαμέρισμα που κρατάτε τα προσωπικά σας αρχεία (κείμενα, προγράμματα, μουσική, εικόνες) θα βρίσκεται στον κατάλογο /home. Συνηθίζεται αυτός ο κατάλογος να βρίσκεται σε δικό του διαμέρισμα. Το μέγεθος αυτό θα πρέπει να καθοριστεί αναλόγως με τις δικές σας ανάγκες και να κυμαίνεται από μερικά MB έως πολλά GB. Αν υπάρχουν περισσότεροι από ένας χρήστες θα πρέπει να λάβετε υπόψιν και τις δικές τους ανάγκες για χώρο. Με τα σύγχρονα δεδομένα, 2-4 GB είναι αρκετά για κάθε χρήστη.

ο κατάλογος /var περιέχει όπως είπαμε διάφορα αρχεία μεταβλητής φύσης, όπως emails, άρθρα από newsgroups, ιστοσελίδες καθώς και τα πακέτα που μεταφορτώνονται από το εργαλείο APT. Για τους περισσότερους χρήστες το καθοριστικό κριτήριο για το μέγεθος του διαμερίσματος /var θα είναι η χρήση του εργαλείου APT. Έτσι, αν σκοπεύετε να κάνετε πλήρη εγκατάσταση σε ένα βήμα, θα χρειαστείτε τουλάχιστον 3 GB, ενώ με μέτρια χρήση αρκούν 500 MB. Αν δε σκοπεύετε να χρησιμοποιήσετε το APT και ο χώρος είναι πολύτιμος (π.χ. σε μια embedded εφαρμογή), τότε ίσως να αρκούν ακόμη και 50 MB.

ο κατάλογος /tmp περιέχει τυχόν προσωρινά αρχεία που χρειάζονται τα προγράμματα. Ένα τυπικό μέγεθος είναι 50-100 MB.